Sekoskaitos tyrimai

Nuo 2021 m. vasario mėnesio Nacionalinė visuomenės sveikatos priežiūros laboratorija (toliau – NVSPL) buvo paskirta koordinuoti bei vystyti koronaviruso ligos sekoskaitos tyrimų sistemą. Tokio masto tyrimai Lietuvos istorijoje buvo atliekami pirmą kartą.

Sekoskaita – tai viruso arba kokio nors organizmo genetinio kodo (DNR arba RNR) nuskaitymas, t. y. nustatymas, kokie nukleotidai ir kokia tvarka sudaro organizmo genomą. Tai vieni sudėtingiausių genetinių tyrimų, neatsiejami nuo sudėtingo laboratorinio paruošimo, didelio duomenų kiekio bei metodų įvairovės. NVSPL įdiegė naują didelio našumo sekoskaitos įrangą didelio masto sekoskaitos tyrimų atlikimui. Sekoskaitos tyrimai yra vieni reikšmingiausių stebint ir aptinkant naujas pavojingas atmainas bei kontroliuojant epidemiologinę situaciją.

SARS-CoV-2 sekoskaita yra labai svarbi siekiant nustatyti, stebėti ir įvertinti viruso atmainas, dėl kurių gali keistis užkrečiamumas, ligos sunkumas, atsirasti kitų neigiamų padarinių visuomenės sveikatai. To pasekoje, sekvenavimas padeda nustatyri ar būtina didinti kontrolės priemones ar jas galima mažinti. Norint laiku gauti tikslią informaciją apie naujų ar pavojingų atmainų atsiradimą ir cirkuliaciją, reikalingos patikimos priežiūros sistemos ir aiškiai apibrėžta mėginių atrankos ir sekos nustatymo strategija, atitinkanti bendrą kvėpavimo takų virusų stebėsenos strategiją, kad būtų užtikrintas rezultatų patikimumas ir aiškumas.

Lietuvoje SARS-CoV-2 infekcijos epidemiologinę stebėseną organizuoja ir vykdo NVSPL ir Nacionalinis visuomenės sveikatos priežiūros centras (toliau – NVSC) savivaldybėse, kuriose veikia NVSPL padaliniai ir (arba) kuriose NVSPL vykdo veiklą pagal sutartis su juridiniais asmenimis. Savivaldybių gydytojai, atsižvelgdami į tolygaus ir (ar) efektyvaus stebėsenos vykdymo galimybes, paskiria ASPĮ (asmens sveikatos priežiūros įstaigas), kuriose imami PGR tyrimui skirti ėminiai.

Esant poreikiui, NVSPL turi galimybę naudotis Europos ligų prevencijos ir kontrolės centro (ECDC) teikiama neatlygintina pagalba dėl SARS-CoV-2 genomo sekoskaitos tyrimų atlikimo.

Europos ligų prevencijos ir kontrolės centras kiekvieną savaitę atnaujina informaciją apie SARS-CoV-2 infekcijos situaciją šalyse, įskaitant sekoskaitos rezultatus: https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/country-overviews

Duomenys taip pat teikiami į GISAID duomenų bazę: https://gisaid.org/

2023 metais, Omikron viruso tipo “XBB.1.5” ir “XBB.1.5  + F456L” linijų grupės pasižymėjo plitimo pranašumu, lyginant su kitomis šiaurės Amerikoje ir Europoje cirkuliuojančiomis atmainomis. Šios formos taip pat buvo dominuojančios ir Lietuvoje. Yra duomenų, kad šios grupės (ypač XBB.1.5  + F456L) turi didesnį polinkį išvengti imuninio atsako, susiformavusio susidūrus su ne Omikron tipo virusu, bet persirgus ar turint du Omikron variantui atnaujintus skiepus, susirgimo tikimybė yra maža.

Nuo 2023 metų rugsėjo mėnesio, Lietuvoje plinta "BA.2.86" linija, kuri pasižymi dideliu mutacijų kiekiu spyglio baltyme ir tikėtina yra kilusi iš žmogaus, turinčio imuninį deficitą, dėl staiga atsisiradusio didelio kiekio mutacijų. Per kelis mėnesius ši linijų grupė tapo dominuojanti visame pasaulyje ir išstumė prieš tai dominuojančią “XBB.1.5  + F456L” linijų grupę. Šiai viruso linijų grupei priklausantys virusai ir toliau dominuoja pasaulyje.

Daugiau informacijos apie šiuo metu Europoje stebimas atmainas galima rasti: https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern

Nuo 2022 m. lapkričio vykdoma sentinelinė stebėsena. Sentinelinė stebėsena pricipas yra surinkti atsitiktinius mėginius iš populiacijos, kurie atspindėtų bendrą situaciją regione, idealiu atveju surenkami 2-5% visų populiacijoje sergančių žmonių mėginiai. Imtys sudarytos ASPĮ darbuotojams atsitiktinai atrenkant teigiamus ir neigiamus antigenų mėginius iš šių savivaldybių: Vilniaus miesto, Vilniaus rajono, Kauno miesto, Kauno rajono, Šiaulių miesto, Klaipėdos miesto, Marijampolės rajono, Vilkaviškio rajono, Ukmergės rajono. Bet planuojama išplėsti stebimų teritorijų sąrašą kartu įtraukiant ir daugiau kvėpavimo takų ligų sukėlėjų.

Žemiau pateikiami duomenys už 2023 ir 2024 metus.

Pateikiami duomenys su antigeno testų ir PGR testų sentinelinės stebėsenos rezultatais.

Pateikiami sekoskaitos metu nustatytų linijų kiekiai ir tipai. Linijos suskirstytos į grupes pagal naujausias ECDC rekomendacijas. Informaciją apie linijų grupavimą galima parsisiųsti čia: https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/PathogenVariant_public_mappings.csv

Taip pat, pateikiama bendra viruso apkrova nustatyta nuotekų stebėsenos metu.