Sekoskaitos tyrimai

Nuo 2021 m. vasario mėnesio Nacionalinė visuomenės sveikatos priežiūros laboratorija (toliau – NVSPL) buvo paskirta koordinuoti bei vystyti koronaviruso ligos sekoskaitos tyrimų sistemą. Tokio masto tyrimai Lietuvos istorijoje buvo atliekami pirmą kartą.

Sekoskaita – tai viruso arba kokio nors organizmo genetinio kodo (DNR arba RNR) nuskaitymas, t. y. nustatymas, kokios raidės (nukleotidai) ir kokia tvarka sudaro organizmo genomą. Tai vieni sudėtingiausių genetinių tyrimų, neatsiejami nuo sudėtingo laboratorinio paruošimo, didelio duomenų kiekio bei metodų įvairovės. NVSPL įdiegė naują didelio našumo sekoskaitos įrangą bei automatizuotas mėginių paruošimo sistemas didelio masto sekoskaitos tyrimų atlikimui. Sekoskaitos tyrimai yra vieni reikšmingiausių aptinkant naujas pavojingas atmainas bei kontroliuojant epidemiologinę situaciją.

SARS-CoV-2 sekoskaita yra labai svarbi siekiant nustatyti, stebėti ir įvertinti viruso atmainas, dėl kurių gali padidėti užkrečiamumas, ligos sunkumas, atsirasti kitų neigiamų padarinių visuomenės sveikatai ar poreikis taikyti papildomas kontrolės priemones. Norint laiku gauti tikslią informaciją apie naujų ar pavojingų atmainų atsiradimą ir cirkuliaciją, reikalingos patikimos priežiūros sistemos ir aiškiai apibrėžta mėginių atrankos ir sekos nustatymo strategija, atitinkanti bendrą kvėpavimo takų virusų stebėsenos strategiją, kad būtų užtikrintas rezultatų patikimumas ir aiškumas.

Lietuvoje COVID-19 ligos (koronaviruso infekcijos) epidemiologinę stebėseną (monitoringą) organizuoja ir vykdo NVSPL ir Nacionalinis visuomenės sveikatos priežiūros centras (toliau – NVSC) savivaldybėse, kuriose veikia NVSPL padaliniai ir (arba) kuriose NVSPL vykdo veiklą pagal sutartis su juridiniais asmenimis. Savivaldybių gydytojai, atsižvelgdami į tolygaus ir (ar) efektyvaus stebėsenos vykdymo galimybes, paskiria ASPĮ (asmens sveikatos priežiūros įstaigas), kuriose imami PGR tyrimui skirti ėminiai.

Esant poreikiui, NVSPL turi galimybę naudotis Europos ligų prevencijos ir kontrolės centro (ECDC) teikiama neatlygintina pagalba dėl SARS-CoV-2 genomo sekoskaitos tyrimų atlikimo.

Europos ligų prevencijos ir kontrolės centras kiekvieną savaitę atnaujina informaciją apie COVID-19 ligos (koronaviruso infekcijos) situaciją šalyse, įskaitant sekoskaitos rezultatus: https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/country-overviews

Duomenys taip pat teikiami į GISAID duomenų bazę: https://gisaid.org/ 

XBB.1.5 atmaina šiuo metu turi plitimo pranašumą, lyginant su kitomis šiaurės Amerikoje ir Europoje cirkuliuojančiomis atmainomis. Yra galimybė, kad ši atmaina gali nulemti COVID-19 atvejų didėjimą ES / EEE, bet ne per artėjantį mėnesį (šiuo metu labai mažai šios atmainos nustatoma). Tikėtina, kad šiaurės Amerikoje ši atmaina taps dominuojančiu artėjančią savaitę.

Ši atmaina pirmą kartą aptikta Jungtinėse Amerikos Valstijose 2022 m. spalio 22 d. ir nuo tada atmainos dalis bendroje struktūroje didėja.

Ši atmaina buvo aptikta ir kitose šalyse, įskaitant ES/EEE – Danijoje, Prancūzijoje, Austrijoje, Nyderlanduose, Vokietijoje, Italijoje, Ispanijoje, Švedijoje, Islandijoje, Belgijoje, Čekijoje, Portugalijoje, Airijoje.

Daugiau informacijos: https://www.ecdc.europa.eu/en/news-events/update-sars-cov-2-variants-ecdc-assessment-xbb15-sub-lineage

2022 m. lapkričio pirmąją savaitę nusekvenuoti 26 mėginiai, kai vėlesnėse imtyse nusekvenuoti 67-97 mėginiai per savaitę. Imtys sudarytos ASPĮ darbuotojams atsitiktinai atrenkant teigiamus ir neigiamus antigenų mėginius iš šių savivaldybių: Vilniaus miesto, Vilniaus rajono, Kauno miesto, Kauno rajono, Šiaulių miesto, Klaipėdos miesto, Marijampolės rajono, Vilkaviškio rajono, Ukmergės rajono.

Pandemijos metu plitusios Omikron atmainos

Kovo 22 d. duomenys apie Omikron potipių paplitimą Lietuvoje.

_______________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

Vasario 15 d. duomenimis Lietuvoje iš kelių naujai nustatytų Omikron atmainos labiausiai išplito BA.1. ir BA.1.1 viruso linijos.

Lentelė. Iš viso aptiktų Omikron atmainų kiekiai

Diagrama. Atmainų užimamas procentas atsitiktinėje imtyje. Duomenys iš savaičių, kai nusukvenuota bent 70% tos savaitės mėginių.

Diagrama. Aptiktų atmainų kiekiai. (Pastaba: Paskutinėmis savaitėmis mėginių su Omikron atmaina kiekis mažėja dėl sumažėjusių tyrimų imčių, bet jų procentas tarp visų ištirtų mėginių auga.).

Remiantis ankstyvaisiais epidemiologinių tyrimų duomenimis, BA.2 viruso atmaina plinta greičiau nei BA.1, tačiau nėra duomenų apie tai, kad ši atmaina pasižymėtų sunkesne ligos eiga arba galėtų lengviau užkrėsti asmenis prasirgusius kitais Omikron atmainomis.

Šiuo metu Omikron šeima yra skirstoma į tris atmainas:

- BA.1, turintis papildomas 20 mutacijų prie tėvinei Omikron linijai (B.1.1.529) būdingų 39 mutacijų.

- BA.2, kuriame yra papildomos 27 mutacijos;

- BA.3, kurį sudaro dar 13 papildomų mutacijų.

Įdomu tai, kad visi šie trys Omikron šeimos atmainos nustatyti beveik tuo pačiu pačiu metu Pietų Afrikos Respublikoje.

Nors genetiškai BA.1, BA.2 ir BA.3 viena nuo kitos skiriasi panašiai kaip Alfa, Beta, Gamma ir Delta variantai vienas nuo kito, tačiau kol kas ryškiausias pastebėtas skirtumas yra greitesnis BA.2 plitimas. Danijos mokslininkų skaičiavimais, BA.2 variantas plinta pusantro karto greičiau nei tėvinis Omikron (B.1.1.529) variantas.

Nors Omikron ir jo atmainos yra labiausiai užkrečiama iki šiol plitusio SARS-CoV-2 viruso forma, tačiau, laimei, šis variantas pasižymi lengvesne ligos eiga. 

Didelė tikimybė, kad BA.2 atmaina ilgainiui taps vyraujančiu SARS-CoV-2 variantu, tačiau, labai tikėtina, kad šalyse, patyrusiose didelę BA.1 atmainos bangą (Lietuva yra tarp jų) bus pasiektas aukštas imunizacijos lygis, apsaugantis ir nuo BA.2 varianto.