Sekoskaitos tyrimai

Nuo 2021 m. vasario mėnesio Nacionalinė visuomenės sveikatos priežiūros laboratorija (toliau – NVSPL) buvo paskirta koordinuoti bei vystyti koronaviruso ligos sekoskaitos tyrimų sistemą. Tokio masto tyrimai Lietuvos istorijoje buvo atliekami pirmą kartą.

Sekoskaita – tai viruso arba kokio nors organizmo genetinio kodo (DNR arba RNR) nuskaitymas, t. y. nustatymas, kokie nukleotidai ir kokia tvarka sudaro organizmo genomą. Tai vieni sudėtingiausių genetinių tyrimų, neatsiejami nuo sudėtingo laboratorinio paruošimo, didelio duomenų kiekio bei metodų įvairovės. NVSPL įdiegė naują didelio našumo sekoskaitos įrangą didelio masto sekoskaitos tyrimų atlikimui. Sekoskaitos tyrimai yra vieni reikšmingiausių stebint ir aptinkant naujas pavojingas atmainas bei kontroliuojant epidemiologinę situaciją.

SARS-CoV-2 sekoskaita yra labai svarbi siekiant nustatyti, stebėti ir įvertinti viruso atmainas, dėl kurių gali keistis užkrečiamumas, ligos sunkumas, atsirasti kitų neigiamų padarinių visuomenės sveikatai. To pasekoje, sekvenavimas padeda nustatyri ar būtina didinti kontrolės priemones ar jas galima mažinti. Norint laiku gauti tikslią informaciją apie naujų ar pavojingų atmainų atsiradimą ir cirkuliaciją, reikalingos patikimos priežiūros sistemos ir aiškiai apibrėžta mėginių atrankos ir sekos nustatymo strategija, atitinkanti bendrą kvėpavimo takų virusų stebėsenos strategiją, kad būtų užtikrintas rezultatų patikimumas ir aiškumas.

Lietuvoje SARS-CoV-2 infekcijos epidemiologinę stebėseną organizuoja ir vykdo NVSPL ir Nacionalinis visuomenės sveikatos priežiūros centras (toliau – NVSC) savivaldybėse, kuriose veikia NVSPL padaliniai ir (arba) kuriose NVSPL vykdo veiklą pagal sutartis su juridiniais asmenimis. Savivaldybių gydytojai, atsižvelgdami į tolygaus ir (ar) efektyvaus stebėsenos vykdymo galimybes, paskiria ASPĮ (asmens sveikatos priežiūros įstaigas), kuriose imami PGR tyrimui skirti ėminiai.

Esant poreikiui, NVSPL turi galimybę naudotis Europos ligų prevencijos ir kontrolės centro (ECDC) teikiama neatlygintina pagalba dėl SARS-CoV-2 genomo sekoskaitos tyrimų atlikimo.

Europos ligų prevencijos ir kontrolės centras kiekvieną savaitę atnaujina informaciją apie SARS-CoV-2 infekcijos situaciją šalyse, įskaitant sekoskaitos rezultatus: https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/country-overviews

Duomenys taip pat teikiami į GISAID duomenų bazę: https://gisaid.org/

Šiuo metu, Omikron viruso tipo “XBB.1.5” ir “XBB.1.5  + F456L” linijų grupės turi plitimo pranašumą, lyginant su kitomis šiaurės Amerikoje ir Europoje cirkuliuojančiomis atmainomis. Šios formos taip pat yra dominuojančios ir Lietuvoje. Yra duomenų, kad šios grupės (ypač XBB.1.5  + F456L) turi didesnį polinkį išvengti imuninio atsako, susiformavusio susidūrus su ne Omikron tipo virusu, bet persirgus ar turin du Omikron variantui atnaujintus skiepus, susirgimo tikimybė yra maža. Taip pat Lietuvoje plinta "BA.2.86" linija, kuri pasižymi dideliu mutacijų kiekių spyglio baltyme ir yra stebima ECDC ir WHO organizacijų, bet nėra duomenų, kad ši linija yra pavojingesnė už šiuo metu vyraujančias linijas.

Daugiau informacijos galima rasti: https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern

Nuo 2022 m. lapkričio vykdoma sentinelinė stebėsena. Sentinelinė stebėsena pricipas yra surinkti atsitiktinius mėginius iš populiacijos, kurie atspindėtų bendrą situaciją regione, idealiu atveju surenkami 2-5% visų populiacijoje sergančių žmonių mėginiai. Imtys sudarytos ASPĮ darbuotojams atsitiktinai atrenkant teigiamus ir neigiamus antigenų mėginius iš šių savivaldybių: Vilniaus miesto, Vilniaus rajono, Kauno miesto, Kauno rajono, Šiaulių miesto, Klaipėdos miesto, Marijampolės rajono, Vilkaviškio rajono, Ukmergės rajono.

Žemiau pateikiami duomenys už 2023 metus. Linijos suskirstytos į grupes pagal naujausias ECDC rekomendacijas. Informaciją apie linijų grupavimą galima parsisiųsti čia: https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/PathogenVariant_public_mappings.csv

Sekvenavimo duomenys

 

 

 

 

 

 

 

 

 

  

Savaitės

2023-09-04

2023-09-11

2023-09-18

2023-09-25

2023-10-02

2023-10-09

2023-10-16

2023-10-23

2023-10-30

2023-11-06

2023-11-13

2023-11-20

2023-11-27

2023-12-04

2023-12-11

2023-12-18

2023-12-25

2024-01-01

2024-01-08

2024-01-15

2024-01-22

2024-01-29

 

 

XBB.1.5

11

17

19

27

20

29

33

37

35

18

23

15

14

22

33

14

8

2

0

1

0

1

 

 

XBB.1.5-like+F456L

5

18

35

43

47

34

59

74

74

23

50

42

39

63

108

64

44

13

13

7

13

4

 

 

BA.2.75

0

2

3

2

1

0

0

0

2

1

2

0

0

1

0

0

0

0

0

0

0

0

 

 

XBB

0

1

0

2

0

2

5

6

8

2

7

2

2

6

10

9

1

1

0

3

0

0

 

 

Kita

0

1

0

0

1

1

1

1

3

0

0

1

0

0

3

7

0

2

0

0

8

1

 

 

BA.2.86

0

0

0

1

0

2

3

6

3

5

6

6

14

26

28

40

18

11

6

5

2

4

 

 

JN.1

0

0

0

0

0

0

2

0

0

4

3

7

15

26

77

81

70

31

45

29

20

23

 

 

BA.2

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

2

1

5

1

7

6

3

3

1

0

 

 

PGR duomenys

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Savaitės

2023-09-04

2023-09-11

2023-09-18

2023-09-25

2023-10-02

2023-10-09

2023-10-16

2023-10-23

2023-10-30

2023-11-06

2023-11-13

2023-11-20

2023-11-27

2023-12-04

2023-12-11

2023-12-18

2023-12-25

2024-01-01

2024-01-08

2024-01-15

2024-01-22

2024-01-29

2024-02-05

2024-02-12

Teigiami

59

75

47

67

61

40

55

91

64

99

90

93

172

128

125

73

12

23

30

22

18

13

21

18

Neigiami

81

146

85

105

116

140

117

105

44

127

96

80

105

106

79

53

24

24

55

68

98

147

38

23

Neatlikta

1

1

0

0

0

2

0

1

0

2

0

0

0

1

1

5

0

0

1

1

0

1

0

0

Antigeno testų duomenys

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Savaitės

2023-09-04

2023-09-11

2023-09-18

2023-09-25

2023-10-02

2023-10-09

2023-10-16

2023-10-23

2023-10-30

2023-11-06

2023-11-13

2023-11-20

2023-11-27

2023-12-04

2023-12-11

2023-12-18

2023-12-25

2024-01-01

2024-01-08

2024-01-15

2024-01-22

2024-01-29

2024-02-05

2024-02-12

Teigiami

55

70

47

61

50

34

47

79

56

82

86

86

152

117

105

64

20

19

21

18

11

9

10

1

Neigiami

96

153

84

121

127

156

114

116

62

137

100

91

123

125

92

67

40

41

36

72

105

150

135

54

Neatlikta

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

 

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

Taip pat vykdoma stebėsena nuotekų mėginiuose nustatyti bendrą viruso kiekį trijuose didžiausiuose Lietuvos miestuose.

Šioje svetainėje yra naudojami slapukai (angl. cookies). Laboratorija savo veikloje asmens duomenis tvarko BDAR apimtimi.
Privatumo politika.