Siekiant geriausių sekoskaitos rezultatų bendradarbiaujama ir su Prancūzijos laboratorija

Fiksuojant naujos koronaviruso atmainos Omikron atvejus, didesnis dėmesys kreipiamas ir į viruso genomo sekoskaitos tyrimus. Nacionalinės visuomenės sveikatos priežiūros laboratorijos (NVSPL), organizuojančios bei kuruojančios sekoskaitos tyrimų procesą, atstovas praėjusią savaitę lankėsi vienoje didžiausių Prancūzijos sekoskaitos tyrimų laboratorijoje, kur dalinosi patirtimi ir aptarė bendradarbiavimo galimybes.

NVSPL medicinos genetikas Lukas Žemaitis viešėjo Paryžiaus Henri-Mondor universiteto, virusologijos ir mikrobiologijos padalinio, genomikos laboratorijoje, atliekančioje SARS-CoV-2 sekoskaitos tyrimus didelėmis apimtimis – net iki 3000 tyrimų per savaitę. „Kadangi NVSPL šiuo metu stiprina šalies pajėgumus sekoskaitos tyrimų atlikime, vizito metu su laboratorijos vadovu Dr. Christophe Rodriguez aptarėme gerąsias praktikas tokių tyrimų atlikime, naudojamą įrangą, duomenų analizės iššūkius“ – sako L. Žemaitis. Vizito metu taip pat gauta daug vertingos informacijos apie žmogiškųjų išteklių organizavimą, jų emocinės gerovės užtikrinimą atliekant šiuos sudėtingus, intensyvaus darbo reikalaujančius, bet pandemijos valdymui labai svarbius tyrimus. 

Dalinantis patirtimi pastebėta, kad tiek NVSPL, tiek Prancūzijos laboratorijos susiduria su tais pačiais iššūkiais diegiant ir organizuojant sekoskaitos procesą. „Džiaugiuosi, kad su laboratorijos vadovu pavyko užmegzti puikius ryšius. Grįžus į Lietuvą toliau tęsiame bendravimą ieškant sprendimų kaip padidinti Lietuvos sekoskaitos pajėgumus ir patobulinti vykstančius procesus“, – bendradarbiavimo tęstinumu džiaugiasi NVSPL specialistas.

Pagal atliekamus sekoskaitos tyrimus Lietuva patenka į dvidešimtuką daugiausiai atliekančių. Nuo vasario mėnesio, kai buvo pradėti šie tyrimai, Lietuvoje iki šiol nusekvenuota apie 5% visų teigiamų mėginių.* Dalis laboratorijų, priklausomai nuo naudojamų reagentų, jau dabar įprastu PGR tyrimu gali įtarti Omikron atvejį, nustačius neigiamą signalą koronaviruso S geno žymenyje. Kitos laboratorijos diegia ar yra įsidiegusios metodus leidžiančius nustatyti Omikron atmainai būdingą mutaciją H69–V70. Tokie mėginiai skubos tvarka bus siunčiami sekoskaitai, o apie tai informuojami šalies epidemiologai.

Mėginiai sekoskaitos tyrimams atrenkami kas savaitę proporcingai naujų atvejų skaičiui, kas paprastai sudaro 600–1000 mėginių. Tai yra atsitiktiniu būdu bei epidemiologų atrinkti mėginiai, o nuo, siekiant greičiau aptikti Omikron atmainą, bus sekoskaitos tyrimai atliekami ir visiems teigiamiems įvežtiniams atvejams.

Dalis mėginių, bendradarbiaujant su ECDC, yra siunčiama į užsienio laboratoriją. Šie tyrimai yra apmokami Europos ligų prevencijos ir kontrolės centro. Lietuvoje genomo sekoskaitos tyrimus Sveikatos apsaugos ministerijos užsakymu atlieka Vilniaus universiteto Santaros klinikų laboratorija, Lietuvos sveikatos mokslų universiteto (LSMU) ir LSMU Kauno klinikų laboratorija bei Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro laboratorija.

*Tokie skaičiavimai remiasi atviros tarptautinės duomenų bazės GISAID duomenimis.

Šaltinis: https://www.gisaid.org/submission-tracker-global/

Ne visi GISAID duomenys yra atviri, tačiau suinteresuoti asmenys gali gauti prieigą užsiregistravę sistemoje